Il Centro dedicato alla Cardiomiopatia Ipertrofica del Papa Giovanni XXIII si occupa anche dei pazienti pediatrici. In collaborazione con la Cardiologia pediatrica è attivo un servizio ambulatoriale per la diagnosi e trattamento delle forme di cardiomiopatia ipertrofica,  sia infantili che pediatriche. Esistono protocolli specializzati condivisi con il Laboratorio di Genetica Medica  per la diagnosi di forme secondarie di cardiomiopatie ipertrofica,  metaboliche e/o  neuro muscolari. In collaborazione con la Cardiochirurgia pediatrica il nostro centro è  in grado di trattare chirurgicamente anche le forme più complesse di cardiomiopatia ipertrofica ostruttiva.